После выполнения миссии на Вулкане экипаж «Энтерпрайза» возвращается домой, ожидая суда за свои предыдущие нарушения. Однако Земля встречает их новой бедой: к планете приблизился гигантский инопланетный корабль, чьи сигналы на языке вымерших китов вызывают катастрофические катаклизмы. Единственный шанс спасти человечество — отправиться в прошлое, найти китов и доставить их в XXIII век. Капитану Кирку и его команде предстоит невероятное путешествие во времени, чтобы предотвратить гибель родной планеты.