Спустя два года после победы над Сефиротом мир, казалось бы, вернулся к спокойной жизни. Клауд Страйф, уставший от битв, нашел пристанище в сиротском приюте, пытаясь оставить прошлое позади. Однако его покой оказывается недолгим: по планете распространяется загадочная болезнь, а рядом появляется зловещий незнакомец Кададж. Его таинственные планы напрямую связаны с детьми из приюта, и Клауду вновь предстоит встать на защиту тех, кто не может постоять за себя.