Синдзи приходит в себя после долгой комы, в которую погрузился, пытаясь спасти Рэй. Мир вокруг него изменился до неузнаваемости: на нём сдерживающий ошейник, а Мисато, Аска и их союзники теперь враждебная ему организация WILLE, ведущая войну против NERV. Пилот узнаёт, что с момента Третьего удара прошло целых четырнадцать лет, но он и другие операторы «Евангелионов» не постарели из-за проклятия «Евы». Несмотря на заверения Мисато, что Рэй погибла, девушка неожиданно появляется за штурвалом нового робота серии «Марк», чтобы освободить Синдзи с борта летающего корабля WILLE.