Синдзи начинает привыкать к роли пилота боевого робота «Ева-01», когда в NERV появляются новые девушки-лётчицы — загадочная британка Мари и вспыльчивая немка Аска, искренне увлечённые своим делом. Аска, как и Синдзи, селится в квартире Мисато и присоединяется к его учёбе в одном классе с Рэй. Одновременно в организации объявляется старый знакомый Мисато, Рёдзи Кадзи, визиту которого она не слишком рада. Пока юные пилоты успешно отражают атаки Ангелов, между всеми героями начинают складываться сложные и напряжённые отношения.