В 2015 году, спустя пятнадцать лет после глобальной катастрофы Второго удара, столицу Токио-3 атакуют таинственные Ангелы. Противостоять им способны лишь гигантские биороботы «Евангелион». Четырнадцатилетний Синдзи Икари прибывает в город по вызову своего отца, главы организации NERV, но встреча прерывается вторжением Ангела. С помощью капитана Мисато Кацураги парень попадает в подземный штаб, полный решимости высказать родителю свою ненависть. Однако вместо этого ему предстоит немедленно сесть за управление роботом и вступить в бой.