В 2201 году Земля, оправившаяся от войны с Гамилусом, осваивает планеты Солнечной системы. Внезапно от таинственной Терезы приходит сигнал о новой угрозе. Героям вновь предстоит собраться на легендарном крейсере «Ямато», чтобы противостоять Империи Белой Кометы — безжалостной цивилизации из галактики Андромеда, поглощающей всё на своём пути. Однако на этот раз даже мощнейшее волновое орудие корабля может оказаться бессильным против невероятной силы захватчиков.