В центре сюжета этого аниме-фильма — судьба молодого пилота Хикару Ичидзё, офицера Мисы Хаясе и начинающей певицы Линн Минмэй. Их личные истории разворачиваются на фоне масштабного космического конфликта: человечество ведёт беспощадную войну против расы гигантов-Зентради, обладающей флотом из миллионов кораблей. Зентради и их извечные враги, гиганты-женщины Мельтанди, существуют раздельно. Война опустошает Землю, и выживает лишь экипаж и население космического крейсера «Макросс». Оказавшись на выжженной планете, Хикару и Миса обнаруживают древний город Протокультуры и пытаются подать сигнал своему кораблю.