История капитана Харлока начинается с его возвращения на Землю, охваченную войной и оккупированную врагом. После поражения землян сопротивление ушло в подполье, и лишь пиратское радио «Голос свободной Аркадии» напоминает о борьбе. Отказавшись служить захватчикам и получив клеймо предателя от марионеточного правительства, Харлок лишается всего: звания, корабля и средств к существованию. Чтобы выжить, он использует продовольственную карточку и отправляется в столовую, где встречает опустившегося военного механика Тотиро — эта встреча станет первым шагом к новому противостоянию.