Эйджи Таканака, виртуозный геймер, привыкший побеждать в симуляторах, оказывается в центре реальной опасности, присоединившись к загадочной корпорации «Е-Х». Как и Шого Яхаги до него, он вынужден вступить в войну и сражаться за собственное выживание. Ключом ко всему снова считается программа «ЕВА», но какие секреты хранит подземный бункер времён Последней Войны и какая судьба ждёт город Эдем?