В далёком будущем человечество порабощено преступной корпорацией «Гайя», лишившей людей свободы, дома и будущего. Когда надежда почти угасла, на горизонте появляется таинственный космический пират Харлок на своём призрачном корабле «Аркадия». Этот беглец бросает вызов захватчикам, готовый сражаться за родную Землю, но его методы заставляют многих задаться вопросом: кто он на самом деле — герой или преступник?