В первой половине XXI века подъём уровня Мирового океана из-за глобального потепления привёл к катастрофе: большая часть суши ушла под воду. Вскоре человечество столкнулось с новой угрозой — загадочным «Флотом тумана», состоящим из футуристических кораблей, против которых оказалась бессильна любая земная технология. После жестокой войны люди были вынуждены отказаться от плавания. Спустя семнадцать лет капитан Гундзо Чихая и его команда невероятным образом получают в своё распоряжение одну из субмарин этого флота — I-401. Вместе с её антропоморфным воплощением, девушкой по имени Йона, они решают бросить вызов могущественному врагу, чтобы вернуть человечеству моря.