Через двенадцать тысяч лет после событий первого сезона остатки человечества живут на планете Вега, чей патриархальный уклад неожиданно нарушают захватчики с Алтеи. Их автоматы-Сборщики похищают лучших девушек Веги, и противник кажется неуязвимым. Судьба сталкивает в старом кинотеатре сироту Амату Сору и аристократку Миконо Судзусиро — вскоре им придётся вместе сражаться за выживание. В критический момент Амата пробуждает свою древнюю силу и вызывает легендарного гиганта Акварион, даруя надежду всей планете. Однако тайны прошлого, инкарнации пилотов и истинные причины конфликта между мирами только предстоит раскрыть.