В далёком будущем, после уничтожения Земли инопланетными существами гауна, остатки человечества выживают на гигантских космических кораблях-ковчегах. Один из них — «Сидония» — уже много веков дрейфует в глубинах галактики, став для своего экипажа единственным домом. Когда древний враг вновь появляется на горизонте, защитникам корабля, пилотирующим особые боевые механизмы, предстоит вступить в отчаянную схватку. От исхода этой битвы зависит судьба последних людей во Вселенной.