В 2199 году «Ямато», получив на Искандаре систему «Космо Реверс», направляется обратно, чтобы спасти Землю. На краю галактики Большое Магелланово Облако корабль встречает таинственный флот Гатлантиса под командованием Горана Дагама, который требует сдать ему линкор. «Ямато» пытается скрыться, но атака мощнейшим орудием, пушкой прямого огня, выбивает его в странное измерение с необычной цветовой гаммой. Экипаж решает исследовать nearby планету. Высадившись, Кодай и его группа обнаруживают корабль, которого здесь быть не должно. Тем временем Дагам, преследуя «Ямато», также попадает в аномальную зону — ведь именно эта планета и является целью его долгих поисков.