В Японию прибывает брокер, который, возможно, и создал опасный вирус, способный изменять память. С его помощью он устраивает масштабную диверсию, уничтожив целую авиакомпанию и всех пассажиров на борту одного из рейсов. Чтобы остановить преступника, известного как Пироманьяк, майор Мотоко Кусанаги и её команда из Девятого отдела проводят спецоперацию. Им предстоит не только обезвредить злоумышленника, но и разобраться в истинных мотивах этой жестокой атаки.