На острове Хатидзёдзима в Тихом океане полицейские со всего мира собираются на объекте «Тихоокеанский буй» для запуска глобальной системы распознавания лиц. По приглашению Соноко Конан и его друзья — Ран, Когоро, Агаса, Хайбара и Юные детективы — тоже прибывают туда, чтобы посмотреть на китов. Однако праздник омрачает тревожное известие от Субару: в Германии убит агент Европола. Вскоре на острове появляется таинственная подводная лодка, а члены Чёрной организации похищают женщину-инженера, чтобы завладеть важными данными с её флешки. Теперь Конану предстоит не только раскрыть заговор, но и защитить Хайбару, к которой в глубоких водах приближается незнакомец.