Спустя год после окончания Четвёртой мировой войны талантливый хакер и киборг Мотоко Кусанаги служит в засекреченном 501-м подразделении. Её новое задание — расследование громкого теракта, связанного с мощным взрывом. Работа в команде спецназа ставит перед ней сложные задачи, где виртуальные угрозы переплетаются с реальной опасностью, а поиск правды требует не только высоких технологий, но и интуиции.