После того как мутация превратила четырёх черепашек в искусных ниндзя, они становятся защитниками справедливости. Их старый друг, господин Чанг, задумывает остановить зловещего Лорда Дракона, используя силу черепашек. Однако внезапная болезнь Чанга меняет планы: его дочь Винес должна объединить команду, чтобы спасти наставника Сплинтера и противостоять угрозе. Герои отправляются в Королевство Мечт для обучения, находят Сплинтера, но возвращение встречает их армией Дракона. Теперь черепашкам предстоит решающая битва за судьбу человечества.