На секретном военном судне «Эгида», созданном по прототипу реального корабля сил самообороны Японии, происходит загадочное убийство. Жертвой становится один из членов экипажа, а обстоятельства указывают на возможное проникновение на борт вражеского агента. В этой напряжённой обстановке, где каждый может оказаться шпионом, юный гений-детектив Конан начинает своё расследование, чтобы раскрыть преступление и предотвратить угрозу национальной безопасности.