Красавица Май Токиха и её хрупкий младший брат Такуми получают стипендию в элитной академии «Фука» — настоящая удача для их небогатой семьи. По пути на пароме Май спасает загадочную девушку Макото, которую выловили из воды вместе с огромным чёрным мечом. Вскоре на судно проникает другая странная девушка, Нацуки, и между ними вспыхивает магический поединок, едва не уничтоживший паром. В этой схватке Май неожиданно пробуждает в себе силы HiME, что заставляет Нацуки отступить. Так начинается её новая жизнь, где вместе с другими избранницами-«Химэ» она должна защищать школу от таинственных монстров — Сирот. Но первая победа над ними — лишь начало гораздо более сложных испытаний.