В 1651 году клан Кишу готовит восстание против сёгуната Токугава, используя тайный склад мушкетов под охраной ниндзя Кога. Чтобы остановить мятеж, Хаттори Хандзо возглавляет ниндзя Ига, и между кланами разворачивается напряжённая шпионская война, полная скрытных манёвров и безмолвных схваток. На фоне этих событий развивается запретная любовь между Сидзабуро и Юкой, которые, нарушая древние табу, отчаянно стремятся к простому человеческому счастью, недоступному для избранного пути ниндзя.