Президент США, которым на самом деле является замаскировавшийся Зартан, решает уничтожить элитный отряд «Джи Ай Джо», подставив его под удар. Бойцов обвиняют в краже ядерного оружия и под видом задания отправляют в гибельную ловушку. После вероломного авиаудада в живых остаются лишь трое: Роудблок, Флинт и Леди Джей. Теперь им предстоит не только выжить, но и раскрыть заговор, чтобы отомстить за павших товарищей и снова бросить вызов террористической организации «Кобра».