Отважная команда спецподразделения «Джи-Ай Джо» снова вступает в бой со своим заклятым врагом — террористической организацией «Кобра». На этот раз злодеи обрели неожиданных и крайне опасных союзников. Оказывается, у истоков «Кобры» стояла древняя раса подземных рептилий, которые теперь выходят из тени. Героям предстоит не просто сразиться с привычными противниками, но и столкнуться с новой мистической угрозой, ставящей под удар безопасность всего мира.