В ноябре 1998 года, через месяц после событий первой части, Сики Рёги спасает от гибели юношу по имени Томоэ Эндзё. Его путаные признания в убийстве собственных родителей заставляют Сики ощутить зловещее сверхъестественное присутствие. Тем временем в жизнь Токо Аодзаки возвращается прошлое: старые знакомые из Ассоциации магов, для которых жажда силы и знаний важнее человеческих жизней. В этой битве, разворачивающейся в лабиринте зеркал и временных парадоксов, Сики и её друзьям из «Храма пустоты» предстоит доказать, что истинная сила не строится на страданиях других.