Прошло полгода после событий первого фильма, и теперь Фейт Тестаросса, опекаемая Линди, живёт в Уминари как обычная школьница, общаясь с Нанохой Такамати и её друзьями. Однако мирная жизнь внезапно прерывается нападением четверых могущественных магов, называющих себя «Волкенриттер» — Рыцарями Облаков. Пока Наноха и Фейт пытаются понять их цели, становится ясно, что загадочные воины стремятся пробудить древний артефакт, известный как «Книга Тьмы». Героям предстоит объединить силы, чтобы предотвратить надвигающуюся катастрофу.