После провала секретной операции на объекте корпорации «Кобра Индастриз» команда элитных бойцов G.I. Joe оказывается в положении вне закона. Их объявляют преступниками, хотя они невиновны. Теперь, скрываясь от преследования властей и наёмников «Кобры», отважные солдаты вынуждены использовать все свои навыки, чтобы выжить и очистить свои имена. Их цель — разоблачить истинные злодейские планы могущественной корпорации и её загадочного лидера, Адама де Кобрея, представляющих угрозу для всего мира.