В волшебном городе Академии, где наука соседствует с магией, Тома Камидзё пытается вести обычную жизнь, несмотря на потерю памяти и незваную гостью — Индекс, которая снова втягивает его в опасные приключения. На этот раз им предстоит столкнуться с запретными гримуарами, английскими рыцарями и римскими католиками, а также встретить старых знакомых. Пока герои распутывают новые заговоры, в предместьях города разгораются конфликты между магическими орденами, а учёные Академии затевают рискованные эксперименты. Постепенно становится ясно, что эти события — часть глобального плана, способного поколебать сами основы мироздания.