Девочка по имени Кобато появляется в нашем мире с одной целью — исполнить своё заветное желание. Чтобы это произошло, ей нужно наполнить волшебную бутылочку печалями и горестями людей, исцеляя их сердца. Помогает ей в этом, а заодно и присматривает за ней, наставник Иорёги — он был отправлен на землю в облике синей плюшевой собаки в наказание за свои прошлые деяния. Их совместный путь полон приключений и комичных ситуаций, ведь добрая и старательная Кобато ещё совсем неопытна и плохо знает, как всё устроено в мире людей.