Прошло десять лет после событий первой части саги. Республика всё глубже увязает в хаосе и внутренних противоречиях. Движение сепаратистов набирает силу, сотни планет и альянс корпораций объединяются против центральной власти. Даже джедаи признают, что эта угроза может оказаться им не по зубам. Конфликт, как выясняется, был заранее спланирован. Могущественные силы пока остаются в тени, но их цель ясна: развязать Клонические войны и подтолкнуть Республику к краху. Верховный канцлер Палпатин пользуется моментом. Он добивается сосредоточения власти в своих руках и отдаёт приказ о создании республиканской армии. Её задача, поддержать джедаев в борьбе с численно превосходящим противником. Тем временем Энакин Скайуокер тайно встречается с Падме Амидалой. Их роман запрещён кодексом джедаев, но чувства берут верх. А Оби-Ван Кеноби натыкается на секретную информацию, армию клонов, которую кто-то уже создал для джедаев.