Спустя короткое время после событий сериала война закончилась, а экипаж «Надэсико» считает Юрико и Акито пропавшими без вести. Модернизированный корабль с новым капитаном, бывшим штурманом, теперь занимается рутинным патрулированием. Однако мир оказался недолгим: всеобщее разоружение привело к расцвету террористических группировок. Одна из них, обладающая огромной мощью, завладела революционной технологией мгновенной телепортации объектов на любые расстояния. Самое загадочное, что эта технология каким-то образом связана с исчезнувшими Юрикой и Акито.