Прошло полгода с тех пор, как Акира бесследно исчез, отправив Саки лишь одно прощальное сообщение с обещанием ждать её «там, где всё началось». Не раздумывая долго, девушка собирает вещи и летит в Нью-Йорк, предвкушая новые испытания. Так начинается новая глава в их истории: чтобы спасти Японию, Саки и её друзьям вновь предстоит противостоять оставшимся агентам таинственной организации «Селецион».