Ётаро Мисаки, утопающего в море, спасает незнакомец по имени Араси Муто. Придя в себя, Ётаро, не желая вспоминать прошлое, решает солгать о своей потере памяти. Добродушный Араси предлагает юноше временный кров и работу в своём необычном заведении — «Ресторане медуз». Так начинается новая жизнь для Ётаро в этом тихом приморском кафе, где подводные течения прошлого постепенно дают о себе знать.