В далёком будущем человечество сталкивается с нашествием инопланетной расы Мазонов, безжалостно истребляющей людей. Земное правительство проявляет пассивность, мирясь с оккупацией и не стремясь к свободе. В этой мрачной реальности лишь один человек бросает вызов захватчикам — легендарный капитан Харлок. На своём могучем звездолёте «Аркадия» вместе с верным экипажем он вступает в неравную войну. Его противники — Мазоны, которые исследовали Землю в глубокой древности и теперь считают её своей законной добычей.