В 3394 году человечество, чья Солнечная система была уничтожена инопланетной расой гауна, влачит существование на гигантских космических кораблях. Один из них, «Сидония», стал домом для полумиллиона выживших и долгие годы скитался в глубинах космоса. Однако спокойствию приходит конец, когда корабль встречается со своим старым и безжалостным врагом, угрожающим последнему оплоту людей.