В Перу отряд сержанта Кероро и Фуюки Хинаты исследует заброшенный храм в Мачу-Пикчу. По неосторожности Кероро запускает древний механизм, и друзья обнаруживают потайной зал с огромным голубым кристаллом. Неловко нажав на ключ, лягушонок активирует устройство, от чего всё здание содрогается. В спешной эвакуации Кероро теряет свой Керо-шар, а Фуюки мельком видит в комнате таинственную светящуюся девушку. Группе удаётся выбраться наружу, а за их спинами незнакомка обретает сияющие крылья. Тем временем в покинутой зале внутри кристалла начинает пробуждаться нечто неизведанное.