Конан отправляется в роскошный круиз на лайнере «Афродита» по приглашению Соноко Судзуки. Путешествие с семьёй Мори и Юными Сыщиками омрачается чередой загадочных убийств, жертвами которых становятся топ-менеджеры корпорации «Ясиро Групп», построившей корабль. Расследование приводит к трагедии пятнадцатилетней давности — кораблекрушению, которое может быть ключом к разгадке. Под угрозой оказывается и сама Соноко, а лайнер постепенно превращается в гигантскую смертельную ловушку. Конану предстоит распутать этот клубок прошлого и настоящего, чтобы спасти себя и друзей.