Когда истощение ресурсов и загрязнение планеты достигли критической отметки, была создана Международная Научная Организация для решения экологических проблем. Однако её пытается захватить преступный синдикат «Галактор», стремящийся к мировому господству. Этой организацией из тени управляет инопланетное существо по имени Лидер X, а на Земле приказы отдаёт его командующий Берг Катзе. Для борьбы с «Галактором» и его чудовищными роботами учёный доктор Намбу собирает команду из пяти отважных юношей — учёных-ниндзя «Гатчамен». Облачённые в особые костюмы, дающие им птичьи способности и возможность летать, эти герои становятся главным препятствием на пути зловещего синдиката.