Юный и застенчивый Юги Муто наконец-то собирает загадочную головоломку «Тысячелетия», доставшуюся ему от деда. Однако он и не подозревает, что древний артефакт пробуждает в нём альтер-эго — могущественную личность, которая бросает вызов в опасной игре любого, кто причинит мальчику вред. Проигравшим в этой схватке приходится расплачиваться по самому высокому счёту, а самому Юги предстоит научиться сосуществовать со своим тёмным двойником и раскрыть тайны прошлого, связанные с мистической игрой.