Спустя несколько недель после поражения Вилгакса Бену Теннисону исполняется шестнадцать. Его прежний Омнитрикс разрушен, и теперь герою предстоит освоить новый мощный артефакт — Ультиматрикс. Это устройство не только возвращает ему доступ ко всем известным инопланетным формам, но и открывает невиданные возможности: Бен может эволюционировать своих пришельцев в гораздо более сильные и совершенные версии, известные как Ультимейты.