После победы над Ханом и создания планеты Генезис капитан Кирк переживает не радость, а горечь утраты: его друг Спок погиб, спасая «Энтерпрайз». Теперь под угрозой и рассудок доктора Маккоя, в котором, как выясняется от отца Спока, может сохраниться сознание вулканца. Чтобы спасти обоих, Кирк идет на беспрецедентный шаг: угоняет списанный корабль и нарушает карантин Генезиса, где работает экспедиция его сына. Однако к засекреченной планете уже направляются клингоны под командованием Крюге, и новая битва становится неизбежной.