В девятом сезоне Роман Шилов возвращается в службу и возглавляет отдел в Главном управлении МВД по Северо-Западу, где ему поручают раскрытие резонансных преступлений. В его команду возвращаются Джексон и Паша Арнаутов. Первым делом становится взрыв в торговом центре Карелии, за которым Шилов видит борьбу двух местных влиятельных фигур за пост мэра и контроль над предприятием. Несмотря на давление, угрозы семье и ложные следы, команда задерживает исполнителя, понимая, что это лишь верхушка преступной организации. Параллельно в жизнь Шилова возвращается Марианна, нуждающаяся в его помощи, что сулит изменения в его личной судьбе.