Человечество научилось генетически модифицировать людей, создав Координаторов — существ, превосходящих обычных Натуралов по силе, уму и скорости. Эта разница породила жестокую войну между двумя фракциями. В самый разгар конфликта оказывается подросток Кира Ямато, сам являющийся Координатором. Чтобы защитить своих друзей, он вынужден сесть за штурвал мощного боевого робота GUNDAM. Кира не разделяет взгляды враждующих сторон и сражается не за генетическое превосходство, а за жизни близких ему людей, надеясь положить конец бессмысленному кровопролитию.