Действие разворачивается в бета-временной линии. Ринтаро Окабэ, переживший глубокую травму после неудачных попыток спасти свою возлюбленную с помощью путешествий во времени и лишь усугубивший трагедию, погружён в пучину вины и отчаяния. Его жизнь обретает новый смысл, когда он узнаёт о существовании технологии, позволяющей загрузить человеческое сознание в искусственный интеллект. К его изумлению, эта технология хранит цифровую копию той самой девушки, чью потерю он не может пережить, открывая перед ним новые, неоднозначные возможности и ставя под вопрос саму природу реальности и искупления.