После загадочной гибели американской подлодки у берегов Гуама адмирал Татибана винит в этом Годзиллу, полагая, что чудовище вернулось, чтобы уничтожить Японию. Его дочь Юрико, журналистка, расследует три странных инцидента в разных частях страны и узнаёт от старца Исаямы о трёх древних стражах: повелителе неба Кинг Гидорре, морской защитнице Мотре и земном гиганте Барагоне. Только этот легендарный союз может противостоять ярости Годзиллы.