В альтернативной реальности начала XX века юная Сита становится обладательницей таинственного Летающего Камня. За этой невероятной реликвией, обладающей огромной ценностью, начинают охоту как агенты правительства, так и шайка воздушных пиратов. Спасаясь от преследователей, девочка встречает своего ровесника Падзу, работающего в шахтёрском городке. Вместе они отправляются в опасное путешествие и вскоре понимают, что камень является ключом к легендарному летающему острову Лапута, о котором ходят лишь старинные предания.