С момента столкновения с магами и истории с драгоценными семенами прошло несколько лет. Юная волшебница Наноха, теперь обычная школьница, тоскует по своей подруге Фэйт и надеется на новую встречу. Однако её спокойной жизни приходит конец, когда она получает таинственное предупреждение о готовящемся на неё нападении. Теперь Нанохе снова предстоит вспомнить о своих силах и столкнуться с новой угрозой.