Искусство ниндзюцу вовсе не кануло в Лету, а лишь стало более скрытным. Сегодня тайные кланы служат государству, а их будущих бойцов готовят в обычных на вид школах, таких как токийская академия Хандзо. Под руководством наставника Кирии здесь тренируются пять очень разных девушек: добрая простушка Асука, изысканная Икаруга, дерзкая Кацураги, загадочная Ягю и милая Хибари. После успешной сдачи экзамена сэнсэй отправляет их на несложное задание в торговом квартале, где выясняется, что девушек-ниндзя в Японии немало, и далеко не все они разделяют идеалы добра и верной службы.