После опустошительной войны с расой гигантов Зентради человечество, стоявшее на грани вымирания, сделало ставку на освоение космоса. К 2059 году люди расселились по вселенной, и теперь гигантский Иммиграционный Флот, включая корабль «Макросс Фронтир», держит путь к центру галактики. Визит поп-идола Шерил Ном с концертом на борт омрачён внезапным известием: к флоту прорывается мощный вражеский армада, сметающая все линии обороны. Объявлена боевая тревога, но даже отчаянные попытки военных не могут остановить продвижение противника к беззащитным гражданским кораблям.