В 2314 году, спустя два года после окончания войны между государствами и «Селестиалом Биинг», человечество столкнулось с новой внеземной угрозой — инопланетными формами жизни, известными как Инноваторы. Чтобы спасти Землю от полного уничтожения и достичь долгожданного прочного мира, пилоты мобильных доспехов Gundam из экипажа «Ковчега» снова вынуждены вступить в бой. Их противостояние с могущественным и загадочным врагом определит будущее всего человечества.