Прошло полгода после гибели Шерлока Холмса, и доктор Джон Ватсон, пытаясь начать жизнь заново, возглавляет клинику по лечению редких заболеваний. Но его покой нарушает возвращение Мориарти, который намерен продолжить смертельное противостояние. Ватсону предстоит применить свои дедуктивные способности в новой для себя роли: расследуя медицинские тайны и борясь с таинственными недугами пациентов, он вынужден снова вступить в схватку со своим старым врагом.